對植物進行分類，有兩類方法：人為分類法和自然分類法。

早期的植物分類是人們按照自己的方便或植物的用途，選擇植物的一個或幾個特征作為標準進行分類，也就是人為分類法。人為分類法有很多分類方式，例如可以按莖的形態分為喬木、灌木、藤類、草本；按植物的用途分為經濟作物、觀賞植物等等。

廣義的植物界可以根據一定特征劃分成不同的基本類群，如藻類植物，菌類植物，地衣植物，苔蘚植物，蕨類植物，裸子植物和被子植物。

百合屬于百合科，是被子植物

然而更加科學的是，按照進化的觀點，來自共同祖先的植物，具有相似的遺傳性，表現出形態、結構、習性等方面的相似。根據親緣關系進行分類，稱為自然分類方法。這種方法可以說明植物間的親緣關系，反映生物學特性的異同。

這種分類方法利用界、門、綱、目、科、屬、種等的分類單位，按照其高低和從屬關系順序地排列起來，這就是分類的階層系統。其中界>門>綱>目>科>屬>種；有時在各主要分類等級中還需要用到一些亞單位，如：亞門，亞綱，亞目，亞科，亞屬，亞種等。

關于植物的自然分類，不同的學者提出了不同的分類系統，比較常用的有：恩格勒系統、哈欽松系統、克朗奎斯特系統、塔赫他間系統等。