種子的大小形狀，顏色因種類不同而異。

椰子的種子很大，油菜、芝麻的種子較小；而煙草、馬齒莧、蘭科植物的種子則更較蠶豆、菜豆為腎臟形；豌豆、龍眼為圓球狀；花生為橢圓形；瓜類的種子多為扁圓形。顏色以褐色和黑色較多，但也有其他顏色，例如豆類種子就有黑、紅、綠、黃、白等色。

赤豆（紅豆） 圖片來源：PPBC	大豆（黃豆） 圖片來源：PPBC	菜豆 圖片來源：PPBC

種子表面有的光滑發亮、也有的暗淡或粗糙。造成表面粗糙的原因是由于表面有穴、溝、網紋、條紋、突起、棱脊等雕紋的結果。有些還可看到種子成熟后自珠柄上脫落留下的斑痕棗種臍和珠孔。有的種子還具有翅、冠毛、刺、芒和毛等附屬物，這些都有助于種子的傳播。

胡桃（核桃）種子的表面布滿不規則的槽紋 圖片來源：PPBC	蒲公英的種子帶有冠毛 圖片來源：PPBC

種子體積的大小差異很大，一個帶著內果皮的椰子種子，可以達幾千克重，而藥用植物馬齒莧種子的千粒重只有0.13克，寄生的高等植物列當種子更小，千粒重僅在0.0029-0.0049克之間。

椰子的種子很大 圖片來源：PPBC	芝麻的種子很小 圖片來源：PPBC

種子大小的差異懸殊，各有其生物學上的意義。例如椰子的種子很大，每株結實數量有限，由于種子極易萌發，種子內又富含液體胚乳，營養充足，這樣就可得到“重點保證”。而那些體積極小的種子，則以多取生，雖然它們只有占總數很少的種子能夠萌發，但仍可產生大量后代。許多一年生雜草植物，就是以這種方式進行大量繁殖的。