莖上著生葉的位置叫節，兩節之間的部分叫節間。莖頂端和節上葉腋處都生有芽，當葉子脫落后，節上留有痕跡叫做葉痕。這些莖的形態特征可與根相區別。

金銀忍冬的莖節和節間

大多數種子植物莖的外形為圓柱形，也有少數植物的莖有其他形狀，如莎草科植物的莖呈三角柱形，唇形科植物莖為方柱形，有些仙人掌科植物的莖為扁圓形或多角柱形。在木本植物莖的外形上，還可以看到芽鱗痕，可以看出樹苗或枝條每年芽發展時芽鱗脫落的痕跡，從而可以計算出樹苗或枝條的年齡。

君遷子的芽	水曲柳的葉痕