藍藻門有1綱，即藍藻綱(Cyanophyceae)，包括3個目：色球藻目、管胞藻目和顫藻目，約150屬1500種。生活習性有水生、氣生、內生、寄生、共生等。

藍藻門多呈藍綠色，故又稱藍綠藻(blue green alyae)。藻體有單細胞、非絲狀群體或絲狀體等多種形態。藍藻不具鞭毛；有細胞壁，其主要成分為肽葡聚糖(peptidoglycan)，絕大多數藍藻的細胞壁外具有一層膠質鞘(gelatinous sheath)，主要成分是果膠酸和粘多糖。藍藻原生質體分化為中央質(centroplasm)和周質(periplasm)兩部分。中央質有裸露的環狀DNA分子，沒有組蛋白與之結合，無核膜和核仁，但有核的功能，故稱為原核(prokaryon)或擬核(nuclevid)。周質位于細胞壁的內側，其中無質體、線粒體、高爾基體、內質網、液泡等細胞器，在電鏡下可見周質中有很多由膜形成的扁平囊狀結構，稱類囊體(thylakoid)，光合色素均存在于類囊體的表面。其光合色素有葉綠素a、β胡蘿卜素、葉黃素和藻膽素。細胞中貯藏的營養物主要是藻藍淀粉(cyanophycean starch)和藍藻顆粒體(cyanophtcin)，即較大的蛋白質顆粒。

單細胞和群體的藍藻主要靠細胞分裂、群體破裂繁殖；絲狀體除細胞分裂、絲狀體長大外，還靠藻殖段斷離，絲狀體條數增多；極少數種類可進行孢子繁殖。

念珠藻屬(Nostoc)。植物體為單列細胞絲狀體，外面有共同的膠質鞘，許多絲狀體聚集形成膠質塊或球。細胞呈圓形，由原核細胞構成，周質中有許多光合片層，含有葉綠素a、β-胡蘿卜素、藍藻黃素、顫藻黃素、藻膽素等。絲狀體中有大型、細胞壁厚、內部不含原生質體的異形胞。念珠藻的貯藏物質為藍藻淀粉。繁殖方式有營養繁殖和無性繁殖。營養繁殖時從異形胞處斷裂或藻殖段細胞分裂形成新絲體。無性繁殖時有些細胞增大，細胞壁增厚，細胞內充滿營養物質形成厚垣孢子后休眠，條件適宜時，細胞壁破裂，細胞分裂形成新絲體(圖10-1)。一般生長在潮濕地區或水流緩慢、有機質豐富的淺水生活環境中，有些種類生長在地面和巖石上。

著名的食用藍藻有普通念珠藻[Nostoc commune Vauch.](俗稱地木耳)、發狀念珠藻[Nostoc flagelliforme Born. et Flah.](俗稱發菜)、海雹菜[Brachytrichia quoyi (C. Ag.) Born. et. Flah.]、鈍頂螺旋藻[Spirulina platensis]等(圖10-2)。螺旋藻具有保健作用而被制成各種食品，并大量人工養殖。

念珠藻屬
A.植物體 B.植物體部分放大 C.示營養細胞、異形胞和厚垣孢子

食用藍藻 (引自張憲省、賀學禮)
A.B.普通念珠藻(A.外形 B.部分膠被中的1條藻絲) C.D.發狀念珠藻(C.外形 D.部分膠被中的1條藻絲)
E～G.海雹菜(E.外形 F.橫切面 G.橫切面的一部分放大) H.鈍頂螺旋藻

當水體處于富營養化狀態時，一些漂浮性藍藻在夏秋季節常迅速過量繁殖，在水表形成一層具腥味的浮沫，即“水華”或“水花”(water bloom)。水華的出現，將使水體的含氧量大大降低，導致魚類等水生生物大量死亡。不少水華死后分解產生毒素，對水生動物、人、畜等帶來危害。海洋中的赤潮，有些也是藍藻引起的，能使海洋動物大量死亡。