在球菌中，有的孤身只影，稱為單球菌，例如尿素小球菌；有的成雙成對，稱為雙球菌，例如肺炎雙球菌；有的4個菌體連在一起，稱為四聯球菌；有的8個菌體像“疊羅漢”一樣地疊在一起，稱為八疊球菌，例如藤黃八疊球菌；有的菌體像一串串珠子鏈兒一樣連在一起，稱為鏈球菌，例如乳酸鏈球菌；還有的菌體不規則地聚集在一起，看起來像一串串的葡萄，成為葡萄球菌，例如金黃色葡萄球菌。 桿菌中又分為長桿菌（例如結核桿菌）、短桿菌（例如谷氨酸生產菌）和中型桿菌（例如大腸桿菌）。有的桿狀菌體能連在一起，這樣的桿菌稱為鏈桿菌（例如炭疽桿菌）。還有的桿菌體能長出側枝，這樣的桿菌稱為分枝桿菌（例如結核桿菌）。
除了上述這4個類群之外，還有一類絲狀細菌，其桿狀菌體連成長鏈，外面由一個共同的粘質衣鞘包圍，形成絲狀或毛發狀的菌絲。這樣的細菌稱為鞘衣細菌，常見于下水道或其它有機質豐富的水里。 如果我們把細菌切開來觀察，細菌的最外層是結實的保護層，稱為細胞壁，它包裹著整個菌體使細胞有固定的形狀。其主成分是肽聚糖。細胞壁的里面是一層又薄又柔軟而且富有彈性的透膜——細胞膜，它是細胞內外的交換站，控制著細胞內外的物質交換。細胞膜由脂類、蛋白質和糖類組成，它的里面就是細菌的所有生命物質--細胞質。細胞質由一團粘稠的膠狀物質組成，內含各種酶系統，是生物化學反應的場所，也是貯藏代謝產物的“倉庫”，化學成分主要是水、蛋白質、核酸和脂類等。細菌的細胞質內有一個核區，但是這種“核”與真核生物的細胞核不同，沒有核膜包圍，只是由遺傳物質卷曲纏繞而成，其化學組成主要是核酸。 有些細菌除了具有一般的細胞結構外，還具有一些特殊的結構，如莢膜、芽孢、鞭毛等。 莢膜是某些細菌細胞壁外具有的一層果凍般的粘液狀的膜,可以阻抗有害化學物質對細菌的侵害。因此，有莢膜的細菌不易被藥物殺死。莢膜的成分因細菌而異，大多數是多糖或多肽。 某些細菌在其生命活動中的某個階段可以從營養細胞內形成一個圓形或卵圓形的內生孢子，稱為芽孢。芽孢是細菌的休眠體，含水量低，壁厚而致密，對熱、干燥和化學物質的傷害的抵抗能力很強。芽孢能夠脫離細胞獨立存在，在干燥的環境里能存活10年之久，當條件適宜時，芽孢就發芽長成新的菌體。但是芽孢不是繁殖后代的方式，因為一個菌體只能產生一個芽孢。細菌繁殖后代是由細胞分裂的方式進行的。 有些桿菌和弧菌還能長出很細很長的被稱為“鞭毛”的絲狀物。鞭毛是深植于細胞質中的運動器官，鞭毛的旋轉可以推進細菌迅速地運動。球菌通常沒有鞭毛，桿菌中有的有有的沒有，有的則在生長過程中的某一階段才有。弧菌和螺旋菌都有鞭毛。有些細菌如螺旋體等不借助于鞭毛運動，而是借助于細胞中有彈性的軸絲體伸縮而使菌體運動。
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