水域生態站
東湖湖泊生態系統試驗站
1980年正式建站，東湖站地處長江中游（30°33′N, 114°23′E），海拔高程18米，重點研究水域之一的武漢東湖（面積27.8 km2 ，水深2-4米）是長江中下游典型的淺水湖泊。
太湖湖泊生態系統試驗站
隸屬于中國科學院南京地理與湖泊研究所，由本部和分部組成。無錫本部位于長江流域下游我國五大淡水湖泊梅梁湖的東岸（31°24′N，120°13′E），東太湖分部位于蘇州，地處東太湖湖灣的西岸。
膠州灣海洋生態系統定位研究站
膠州灣生態系統研究站隸屬于中國科學院海洋研究所，膠州灣站始建于1978年。位于黃海西岸、山東半島南部膠州灣畔。面積390km2，是一個典型半封閉中型海灣，自然條件優越，生物種類較多，水域生產力高，代表著北太平洋西岸溫帶海灣生態系統。
大亞灣海洋生物綜合試驗站
中國科學院大亞灣海洋生物綜合試驗站建于1984年，隸屬于中國科學院南海海洋研究所。是一個半封閉海灣。灣內生物資源豐富，生物類型眾多，屬亞熱帶海灣兼有熱帶特色，位于大亞灣西側。
三亞熱帶海洋生物實驗站
中國科學院海南熱帶海洋生物實驗站建于1979年，隸屬于中國科學院南海海洋研究所。位于海南省三亞市最南端，即 N 18°12′42″，E 109°28′30″，主要從事南海熱帶海域水域和熱帶海洋生態系統。