上世紀五十年代至八十年代,中國科學院南京土壤研究所在太湖地區進行了一系列的土壤改良、合理施肥、豐產試驗等工作。1987年,中科院南京土壤研究所為了在長期監測該地區農業與生態環境的變化的基礎上提出國家農業持續發展的對策,同時為滿足土壤學與農業學科研究的需求,決定在江蘇省常熟市建立太湖農業生態試驗站。1992年被選為CERN的第一批野外研究臺站,同時更名為中國科學院常熟農業生態實驗站,2005年被國家科技部批準為江蘇常熟農田生態系統國家野外科學觀測研究站。