中國科學院遺傳與發育生物學研究所
成立于1959年，在2001-2003年經由原中國科學院遺傳研究所、發育生物學研究所及石家莊農業現代化研究所整合而組成現在的研究所。
中國科學院武漢病毒研究所
始建于1956年，是專業從事病毒學研究的綜合性研究機構。
中國科學院昆明動物研究所
成立于1959年4月，其前身為昆蟲研究所紫膠站。1963年曾改名為中國科學院西南動物研究所。
中國科學院西北高原生物研究所
成立于1962年，是以從事青藏高原生物科學研究(包括基礎理論、應用基礎和應用開發研究)為主的公益性綜合研究所，其前身是中國科學院青海分院生物研究所。
中國科學院遙感應用研究所
1979年成立，作為我國遙感科學與綜合應用技術國家級、開放型研究機構。
中國科學院大氣物理研究所
大氣所的前身是1928年成立的中央研究院氣象研究所，竺可楨、趙九章、顧震潮、葉篤正、陶詩言、曾慶存、洪鐘祥、王明星等著名學者曾先后擔任所長。
中國科學院南京地質古生物研究所
成立于1951年5月7日，其前身為中央研究院地質研究所及前中央地質調查所等機構的古生物室（組）。
中國科學院南京土壤研究所
成立于1953年，其前身為1930年創立的中央地質調查所土壤研究室。以土壤學基礎和應用基礎研究為主的社會公益性研究所。
中國科學院測量與地球物理研究所
成立于1957年，是中國在大地測量領域最早的研究機構，也是中國科學院唯一從事大地測量學研究的研究所，1970年歸屬國家地震局，1978年在鄧小平同志的關懷下，由中國科學院恢復重建。
中國科學院南海海洋研究所
成立于1959年1月，是我國規模最大的綜合性海洋研究機構之一，為中國科學院知識創新工程序列單位。從事海洋地質、地球物理、水文、氣象等研究。
