曾昭掄與錢偉長被錯劃為“右派分子”。華羅庚、千家駒與童第周雖然得到保護而免遭劃為右派，但仍受到多次“批判”。

1957年，華羅庚遭到錯誤批判。當時，中國數學界大搞“拔白旗”，批判“資產階級學術權威”的運動。華羅庚目睹中國數學界遭到的破壞與損失，痛心疾首。 

1958年，《人民日報》登載了武漢大學批判數學系講師齊民友的所謂“走白專道路”的文章，由此在全國掀起了“拔白旗運動”，華羅庚又被作為數學研究所的重點批判對象，他與一些正直的數學家被剝奪了發言權。

1963年，他借寫《高等數學引論》的序言為題，加以發揮地寫道：“它既是急就章，又是拖沓篇，1958年匆匆上馬。”“錯誤百出，疵謬迭見。”“緊緊松松，趕趕拖拖，因而詳略不一，前后不貫，輕重失調，呼應不周等毛病在所難免的了。” 

1964年，他更在一篇文章中寫道：“向前走了3里路，發現錯了，不要緊，后退3里，便到原來的出發點了；但時間卻不能退回到原來出發的時間，而是花了雙倍時間，時乎時乎不再來！”

1965年，爆發了持續10年之久的“文化大革命”。華羅庚的家被查抄過3次，手稿散失殆盡，使不少工作無法再繼續進行。他被貼了不少充滿了造謠污蔑之詞的大字報，還遭到幾次批判。這一情況至1967年即告終止，他可以安靜地呆在家里，甚至可以出去普及“雙法”。較之中國的絕大多數知識分子，華羅庚算是幸運的了，他受到毛澤東主席與周恩來總理的特別關照。在“文化大革命”前，毛澤東就給華羅庚寫過兩封親筆信。毛澤東去世前，還為華羅庚寫過一個批示。

“文化大革命”期間，眼見著國家遭難，人民受害，他更是百感交集，悲憤萬分。1969年，他的恩師熊慶來遭迫害致死，他都不能去悼念。1978年，熊慶來得到平反后，華羅庚寫道：“惡莫惡于除根計，痛莫痛于不敢啼，尸體已入焚化間，誰是？翻遍蓋面布，方得見遺容一面，骨架一層皮。”

在“四人幫”橫行時，華羅庚雖受到保護，但他被剝奪了發言權，而且實際上被禁止與朋友學生往來。他的“雙法”普及工作，亦常遭到橫加干預。在這黑暗的日子里，據說華羅庚有一個小本子，經常偷著寫詩罵“四人幫”，不肯示人，可惜未能留存下來，現僅得一首如下：
　　“并州戰役勝利日，白骨妖魔心如熾。
　　我要分裂停生產，爾輩竟敢搞團結。”

1970年3月4日，周恩來給他派駐科學院的聯絡員劉西堯批示要保護華羅庚，追查華羅庚的被竊手稿，發還被數學所封存的華羅庚的文物等，另將華羅庚的工作關系由科學院轉去人大常委。每當談起毛澤東與周恩來對他的保護，華羅庚總是滿懷感激之情。

1976年，“文化大革命”結束了。當華羅庚在各省普及“雙法”時，也受到了嚴重的干擾，有的人說什么：華羅庚將優選法與路線相提并論，是以目亂綱，華羅庚普及工作不要黨的領導，華羅庚不學無術，華羅庚游山玩水，等等。這使他十分氣憤。“四人幫”更時時要陷害他。1975年，華羅庚得了心肌梗塞，經治療雖幸免于死，但終究種下了致命的病根。